新潟大学脳研究所は、昭和42年（1967）、わが国初の脳に関する国立大学附置研究所として設立された施設です。その母体は、昭和13年（1938）に発足した「新潟神経学研究会」(現在の新潟脳神経研究会)であり、脳機能解明や脳の病気の原因、治療法の開発など多様な研究を行っています。国内外の大学や研究機関とも、多くの共同研究を実施しています。

本研究所では、大きく分けて三つの方向からの研究が行われています。まず、臨床部門の脳神経外科と神経内科の分野では、様々な脳の病気を持つ患者さんを治療する他、新しい治療法の開発を進めています。また、病理学部門は病気の原因を探索することが目的です。これら二つの部門では、主に医学部出身者が研究に従事しています。一方、基礎神経科学部門や統合脳機能研究センターでは、脳がどのようにして働いているかを非常に多様な方法で解析しています。分子生物学、電気生理学、さらに動物行動学などの手法を用いた研究から、生きた人の脳活動を解析するfMRI などまで、様々な学部出身者が研究に従事しています。