サイエンスキャンプの応募受付は、毎年6月に行われます。各研究所のプログラムがまとめられたサイエンスキャンプ募集要項は、全国の5300校近くの高等学校、60校近くの高等専門学校へ6月のはじめに送られます。（サイエンスキャンプ2002募集要項をご希望の方はこちらからご登録ください。募集要項を送付いたします。）
　応募にあたってはまず、自分が参加してみたいプログラムや行ってみたい研究所を決めます。募集要項には、研究所の紹介やプログラム内容、スケジュール、募集人数が書かれています。関心がある研究所を複数箇所選び応募することが出来ます。ただし、参加できるのは一つの研究所のみです。
　次に、参加に向け期待すること、やりたいこと、未来への夢など熱い気持ちを「サイエンスキャンプ参加申込書」の動機作文の欄に書いてください。最先端の研究所に行き、研究者と共に実習を体験するためには、参加したい気持ちを語った作文の審査で選ばれることが必要です。参加申込書は募集要項にあります。
　参加申込書には、動機作文の他に参加希望会場、氏名、自宅住所、学校名などを明記してください。最後に、保護者の方に承諾をもらい、署名と捺印を押してもらってください。参加申込書は応募締切日（6月下旬ごろ）までにサイエンスキャンプ事務局（東京都千代田区）に届くように郵送してください。
　応募資格は、高等学校・高等専門学校（1〜3年）に在学する生徒です。既にサイエンスキャンプ参加の経験がある方の応募は、ご遠慮いただいています。募集定員とキャンプ開催日は、各研究所毎に異なります。定員の少ない研究所は6名、多い研究所は30名とまちまちですが、ほとんどが10名前後です。開催日は、7月下旬から8月中の夏休みのうち3日間または4日間です。
　サイエンスキャンプホームページでは、募集要項の全ての内容を公開しています。ホームページからは参加申込書が印刷できます。興味がある研究所について、どんな研究をしているか、日本のどこにあるのかなど詳しい研究所の情報は、各研究所のホームページへのリンクで、調べることができます。いくつかの研究所では、以前のキャンプ開催内容を写真やコメントで紹介しています。キャンプ当日の雰囲気を知ることができます。
　応募された参加申込書は、サイエンスキャンプ事務局より参加希望会場へ送られます。研究所では、研究者や研究所の専門家が「サイエンスキャンプに参加申込みをした動機」の作文や科学や技術のサークル活動・自由研究の実績を参考に、7月上旬に参加者を決定します。
参加申込みには、費用はかかりません。